サイトをデザインするにあたり、tableを用いたレイアウトと、cssを用いたレイアウトはどちらがSEOに効果がありますか？

どちらを用いたとしてもSEOに直接効果が生じるということはありません。しかしながら、通常はcssを用いることをお勧めします。tableを用いたデザインはソースコードが複雑になりやすい一方、cssを用いたデザインはソースコードをシンプルにできるため、検索エンジンが読み込みやすくなるからです。

また、tableは基本的に表の作成に用いるものであり、それ以外の用途には用いない方がよいでしょう。W3Cのサイトでもサイトのレイアウトにはtableよりcssを用いる方が望ましいと述べられています。

参考URL:http://www.w3.org/TR/html401/struct/tables.html